日本中華總商會成立於1999年9月9日，是由老華僑、新華僑（中國實行改革前來日定居的稱為老華僑；八十年代之後來日的被稱為新華僑）以及有中資背景的在日企業法人組成的華僑、華人經濟團體。在此之前，在日本從未產生過覆蓋全國範圍的華僑、華人經濟組織。

20多年前，自從中國實施改革開放政策以來，大量的中國年輕留學生來到日本，學習先進的科學技術和經濟管理知識。之後，他們當中湧現出了許多創業興業、積極進取的有為企業家，也為日本經濟發展和社會進步做出了貢獻。同時，伴隨著中國經濟的發展，不斷有許多向海外拓展事業的中國企業進入了日本經濟領域。被稱為世界最大遠洋海運企業之一的COSCO（中遠集團）以及以寶鋼為背景的華寶商事等企業就屬此類。另外，中國各大銀行也相繼在日本開設分行。如此一系列的經濟舉措不僅加速了中日經濟的融合，也為中日兩國經濟關係的發展做出了巨大的貢獻。在此大環境下，許多新老華僑的企業和中資企業的有識之士共同倡議，最終成立了日本中華總商會。